Wyzwania organizacyjne i techniczne związane z wdrożeniem KSeF

Wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) jest jednym z największych projektów cyfryzacyjnych w obszarze rozliczeń podatkowych w Polsce. Oprócz kwestii prawnych i systemowych pojawiają się jednak również istotne wyzwania organizacyjne oraz techniczne, które – w obecnym modelu wdrożenia – nie zawsze są w pełni uwzględniane. Skala tych wyzwań rodzi pytania o realną zdolność administracji skarbowej oraz rynku usług wspierających przedsiębiorców do sprawnego przeprowadzenia procesu implementacji.

Jednym z kluczowych problemów jest nagły i skumulowany wzrost zapotrzebowania na wsparcie ze strony instytucji publicznych. Uruchomienie KSeF oznacza znaczące zwiększenie liczby zapytań kierowanych do urzędów skarbowych, infolinii oraz technicznych punktów wsparcia. Przedsiębiorcy, wdrażając nowe rozwiązania w swoich systemach finansowo-księgowych, będą potrzebować zarówno interpretacji przepisów, jak i pomocy technicznej.

Równolegle rośnie zapotrzebowanie na usługi podmiotów wspierających przedsiębiorców w procesie wdrożenia – integratorów systemów ERP, biur rachunkowych czy doradców podatkowych. W praktyce to właśnie te podmioty często przejmują ciężar wyjaśniania nowych regulacji, konfiguracji systemów oraz rozwiązywania bieżących problemów technicznych związanych z funkcjonowaniem KSeF.

Tak gwałtowny wzrost obciążenia zarówno po stronie administracji publicznej, jak i rynku usług IT niesie ryzyko niewydolności systemu wsparcia. W efekcie przedsiębiorcy mogą mieć trudności z uzyskaniem pomocy w odpowiednim czasie. Może to prowadzić do opóźnień we wdrożeniach, zwiększenia kosztów obsługi oraz obniżenia jakości usług świadczonych przez podmioty wspierające. W praktyce oznacza to, że znaczna część ciężaru organizacyjnego i finansowego wdrożenia systemu spada bezpośrednio na podatników.

Istotnym obszarem ryzyka są również kwestie techniczne. Szczególne wyzwania dotyczą instalacji oraz obsługi certyfikatów niezbędnych do korzystania z KSeF w systemach finansowo-księgowych przedsiębiorstw. Proces ten wymaga odpowiedniej konfiguracji środowiska informatycznego, zgodności wersji oprogramowania oraz specjalistycznej wiedzy technicznej. Dla wielu podmiotów – zwłaszcza z sektora małych i średnich przedsiębiorstw – może to stanowić znaczącą barierę.

W praktyce problemy techniczne mogą prowadzić do błędów integracyjnych lub czasowej niemożności wystawiania faktur w trybie online. W takich sytuacjach przedsiębiorcy będą zmuszeni korzystać z procedur awaryjnych, takich jak wystawianie faktur offline czy stosowanie ręcznych rozwiązań zastępczych. To z kolei zwiększa ryzyko operacyjne i komplikuje bieżące funkcjonowanie firm.

W efekcie pojawia się pytanie, czy obecny model wdrożenia KSeF w wystarczającym stopniu uwzględnia realne możliwości organizacyjne i techniczne przedsiębiorców. Bez odpowiedniego przygotowania infrastruktury, wsparcia administracyjnego oraz rynku usług wdrożenie systemu może bowiem generować dodatkowe ryzyka, które osłabiają deklarowany cel projektu – zwiększenie automatyzacji, przejrzystości i stabilności systemu fakturowania.

W świetle powyższego Ministerstwo Finansów zostało zapytane o poniższe kwestie:

1. Czy Ministerstwo Finansów dokonało analizy zdolności Krajowej Administracji Skarbowej do obsługi zwiększonego zapotrzebowania na wsparcie informacyjne i techniczne związane z wdrażaniem Krajowego Systemu e-Faktur?
2. Czy Ministerstwo dostrzega, że gwałtowny wzrost zapotrzebowania na usługi integratorów ERP, biur rachunkowych i doradców podatkowych prowadzi do wzrostu kosztów wdrożenia KSeF, które w całości ponoszą przedsiębiorcy?
3. Jak Ministerstwo Finansów odnosi się do ryzyka, że problemy z instalacją i obsługą certyfikatów technicznych w systemach finansowo-księgowych uniemożliwią części podatników wystawianie faktur w trybie online?
4. Czy Ministerstwo bierze pod uwagę, że uzależnienie bieżącej działalności gospodarczej od trybów awaryjnych i procedur ręcznych, wynikające z problemów technicznych KSeF, podważa sens wdrażania systemu, który miał zapewnić automatyzację i stabilność procesu fakturowania?

W odpowiedzi na pytania Ministerstwo Finansów przekazało następujące wyjaśnienia.

Na wstępie Ministerstwo Finansów podkreśla, że celem wprowadzenia KSeF jest digitalizacja procesu fakturowania, która będzie kolejnym krokiem w procesie cyfryzacji rozliczeń podatkowych, przy jednoczesnym zapewnieniu ciągłości obrotu gospodarczego i proporcjonalności obciążeń regulacyjnych po stronie podatników. Przyjęte regulacje przewidują obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych, przy jednoczesnym określeniu ściśle limitowanych wyjątków od tego obowiązku. Wyjątki te wynikają z decyzji derogacyjnej, mają charakter funkcjonalny i techniczny oraz wynikają z konieczności uwzględnienia szczególnych kategorii czynności, sektorów gospodarki oraz sytuacji awaryjnych, w których zastosowanie KSeF byłoby np. technicznie niemożliwe.

Ad 1 Czy Ministerstwo Finansów dostrzega, że utrzymywanie równoległego obiegu faktur papierowych, faktur elektronicznych wystawianych poza KSeF oraz faktur funkcjonujących w Krajowym Systemie e-Faktur prowadzi do dezorganizacji obrotu gospodarczego i podważa pewność rozliczeń pomiędzy kontrahentami?

Należy podkreślić, że zakres dopuszczalnych form fakturowania poza KSeF został ograniczony do wyjątkowych sytuacji, a zasadniczym mechanizmem porządkującym obrót gospodarczy pozostaje KSeF jako docelowy, centralny system dokumentowania transakcji fakturami, który zgodnie z art. 106gb ust. 1 ustawy o VAT1 określa moment wystawienia faktury ustrukturyzowanej jako moment jej przesłania do systemu. Trzeba podkreślić, że KSeF zwiększa pewność obrotu poprzez jednoznaczne określenie momentu wystawienia faktury, jej treści oraz dostępności dla kontrahentów, co ogranicza spory dowodowe dotyczące daty wystawienia i otrzymywania dokumentów.

Ad 2 Jakie racjonalne przesłanki przemawiały za przyjęciem modelu dobrowolnego korzystania z KSeF, skoro rozwiązanie to nie eliminuje dotychczasowych problemów systemu fakturowania, a jedynie wprowadza dodatkowy, równoległy porządek dokumentacyjny?

Od 1 lutego 2026 r. KSeF funkcjonuje w modelu obligatoryjnym. Obowiązek wystawiania faktur w KSeF wystąpi:

1. Od 1 lutego 2026 r. dla największych przedsiębiorstw, których sprzedaż w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł.
2. Następnie, od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek ten obejmie firmy, których sprzedaż (z podatkiem), dokumentowana fakturami, przekroczy w danym miesiącu 10 tys. zł.
3. Pozostali przedsiębiorcy będą wystawiać faktury w KSeF od 1 stycznia 2027 r.

Pozostawienie ograniczonych wyjątków od obowiązku stosowania KSeF wynika z konieczności zapewnienia zasady proporcjonalności oraz ciągłości obrotu gospodarczego. W szczególności w art. 106ga ustawy o VAT oraz § 2 rozporządzenia w sprawie przypadków, w których nie ma obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych2 uwzględniono sytuacje, w których zastosowanie KSeF byłoby formalnie lub technicznie niemożliwe. Ponadto ustawa o VAT przewiduje szczególne tryby wystawiania faktur poza KSeF i ich późniejszego przekazania do systemu, w tym w art. 106nda (tzw. tryb offline24), art. 106nh (tryb offline w przypadku niedostępności KSeF) oraz art. 106nf (tryb awaryjny). Rozwiązania te mają charakter zabezpieczający i nie zmieniają generalnej zasady, zgodnie z którą faktura ustrukturyzowana, tj. wystawiona i otrzymana w KSeF stanowi podstawowy sposób dokumentowania sprzedaży w obrocie B2B.

Ad 4 W jaki sposób Ministerstwo zamierza przeciwdziałać negatywnym skutkom organizacyjnym i gospodarczym wynikającym z funkcjonowania kilku równoległych form fakturowania, skoro obecna koncepcja KSeF nie eliminuje faktur papierowych ani nie upraszcza realnie obrotu gospodarczego?

 

Na wstępie należy zwrócić uwagę, że nie będzie równoległego funkcjonowania różnych form faktur. Zasadą jest bowiem, że faktury ustrukturyzowane będą wystawiane i otrzymywane w tym systemie. Dotyczy to przede wszystkim podatników VAT, którzy nie korzystają z przewidzianych w okresie przejściowym innych, przewidzianych ustawowo rozwiązań. Rozwiązania te są wynikiem szerokich konsultacji publicznych założeń i projektu ustawy i zalicza się do nich:

– fazowanie terminów wejścia w życie obowiązkowego wystawiania e-faktur w KSeF (jak wyżej).

– utrzymanie do końca 2026 r. możliwości wystawiania faktur z kas rejestrujących

– rozwiązanie to pozwoli na wydłużenie okresu dostosowania się podatników, którzy korzystali z możliwości wystawiania faktur przy użyciu kas rejestrujących do wdrażanych rozwiązań; do końca 2026 r. możliwe jest również wystawianie poza KSeF paragonów z NIP nabywcy do 450 zł uznanych za fakturę (po tym terminie do taki paragon nie będzie już uznawany za fakturę)

– wprowadzenie na stałe możliwości dobrowolnego stosowania przez podatników trybu „offline24” – rozwiązanie to wzmocni pewność obrotu gospodarczego w sytuacji, gdy podatnik napotka trudności z wystawianiem i przesłaniem faktur ustrukturyzowanych do systemu lub generalnie specyfika jego działalności uzasadnia stosowanie tego trybu; w tym jednak przypadku – tak samo jak w trybie online wystawiania faktur w KSeF – pozostaje utrzymana zasada otrzymywania faktur w KSeF przez nabywcę w krajowym obrocie B2B;

– wprowadzenie okresu przejściowego do końca 2026 r. dla mikroprzedsiębiorców

– w tym okresie podatnicy, których transakcje potwierdzane fakturami obejmują niewielką wartość ogólną sprzedaży (do łącznej wartości sprzedaży udokumentowanej fakturami

– 10 tys. zł miesięcznie) nie będą obowiązani do wystawiania faktur w KSeF – rozwiązanie to ułatwi dokumentowanie transakcji najmniejszym podatnikom. W celu wsparcia procesu wdrożenia KSeF, czyli szczególnie w początkowym okresie, resort zarekomendował dodatkowe rozwiązanie o charakterze biznesowo-technicznym potencjalnej możliwości wydawania potwierdzeń transakcji przed zarejestrowaniem faktury offline24 w KSeF i w efekcie przed otrzymaniem jej przez nabywcę w KSeF.

Ad 5 Czy Ministerstwo Finansów bierze pod uwagę, że obecny model wdrażania Krajowego Systemu e-Faktur – zamiast porządkować i automatyzować procesy – może w praktyce zwiększać koszty prowadzenia działalności gospodarczej oraz ryzyko błędów po stronie podatników?

W Ocenie Skutków Regulacji sporządzonej do ustawy KSeF z 2023 r. , powtórzone w ustawie KSeF2 z 2025 r. (Ustawa z dnia 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw), przewidziano, że podatnicy poniosą pewne koszty wprowadzenia obowiązkowego KSeF, związane głównie z koniecznością dostosowania ich systemów księgowych, natomiast koszt wystawienia faktury z wykorzystaniem KSeF będzie bardzo niski. Wprowadzono wiele funkcjonalności, które w dłuższej perspektywie spowodują, że korzystanie z KSeF przyczyni się do zmniejszenia kosztów przedsiębiorców związanych z obsługą procesu fakturowania. Warto zwrócić również uwagę, że faktury w KSeF będą przechowywane przez okres 10-letni, co oznacza realne zmniejszenie kosztów w tym zakresie po stronie przedsiębiorców.

Jednocześnie dla mniejszych podatników wdrożenie KSeF nie będzie wiązało się z dodatkowymi kosztami. W tym celu bowiem Ministerstwo Finansów przygotowało bezpłatne narzędzia, tj. Aplikacja Podatnika KSeF 2.0, Aplikacja Mobilna KSeF i e-mikrofirma. Są to rozwiązania przeznaczone zwłaszcza dla podatników, którzy nie chcą decydować się na korzystanie od lutego 2026 r. z komercyjnego oprogramowania do fakturowania, ponieważ np. nie chcą generować dodatkowych kosztów w działalności gospodarczej.

Wystarczy, że podatnik zaloguje się do Aplikacji Podatnika KSeF 2., wówczas uzyska dostęp do wszystkich swoich faktur. Do tego celu podatnik nie potrzebuje od wystawcy żadnych wydruków handlowych czy wizualizacji faktury wystawionej w KSeF.

Należy również podkreślić, że faktury ustrukturyzowane są wystawiane zgodnie z wzorem e-faktury opublikowanym na ePUAP. Od 1 lutego 2026 r. jest to struktura logiczna FA(3). Wprowadzenie jednego, obowiązującego wzoru oznacza uporządkowanie danych na fakturach oraz brak ryzyka różnego interpretowania danych, które są zawarte w fakturze. Ustrukturyzowany jednolity wzór faktury pozwala na automatyzację procesów księgowych oraz przyczyni się do zredukowania liczby pomyłek, które występowały przy ręcznym wprowadzaniu danych.