Podatnik VAT zajmujący się działalnością zwolnioną z VAT, co do zasady nie odlicza VAT naliczonego. Choć jego usługa – przykładowo finansowa, szkoleniowa, czy medyczna – jest o VAT tańsza, to kosztem staje się VAT poniesiony przy zakupie towarów i usług nabywanych dla celów prowadzenia takiej działalności.
Sytuacja jest tu klarowna do momentu, w którym poza usługami zwolnionymi z VAT podatnik nie generuje sprzedaży opodatkowanej. Gdy tak się jednak zdarzy, odliczenie może przysługiwać, przynajmniej w części. W pierwszej kolejności należy podjąć próbę przyporządkowania danego wydatku do działalności opodatkowanej – jeżeli istnieje taka możliwość, VAT od zakupu można odliczyć w całości. Tak się może przykładowo stać, kiedy podatnik zakupi towar objęty VAT i odsprzeda go w ramach działalności dystrybucyjnej.
Jeżeli jednak wydatek ma naturę ogólną (np. koszt wynajmu biura, opłaty za media), VAT może zostać odliczony przy wykorzystaniu tzw. współczynnika VAT. Stanowi on odzwierciedlenie proporcji wygenerowanej przez podatnika sprzedaży opodatkowanej do całości jego sprzedaży.
Prawidłowe prowadzenie częściowego odliczenia VAT wymaga wysokiej staranności. Przede wszystkim współczynnik obliczany jest wstępnie, na bazie obrotu z poprzedniego roku, a następnie dokonuje się korekty odliczenia na bazie współczynnika zaktualizowanego o obrót bieżący. Osobno należy podejść do rozliczenia VAT od środków trwałych i nieruchomości (w cyklu odpowiednio pięcioletnim i dziesięcioletnim).
Przykład
Sprawa może się jeszcze bardziej skomplikować, kiedy podatnik wykonuje również działalność w ogóle VAT nieobjętą. Najczęściej w takiej sytuacji znajdują się jednostki publiczne, np. samorząd czy instytuty naukowe. Ich bazowa działalność nie jest zasadniczo objęta VAT, chyba że pojawia się element komercyjny. Wtedy – zanim dojdziemy do rozliczeń przy użyciu współczynnika – zastosowanie znajduje tzw. prewspółczynnik. Ten z kolei ustala podatnik w sposób odpowiadający specyfice wykonywanej przez niego działalności. Tu pod uwagę można wziąć m.in. takie czynniki jak liczbę osób wykonujących prace związane lub nie z działalnością opodatkowaną, liczbę roboczogodzin przeznaczonych na takie cele, roczny obrót, a nawet powierzchnię nieruchomości. W efekcie nawet podatnicy o zbliżonym profilu działalności mogą w praktyce odliczać VAT w oparciu o różne kryteria.
Tematyka ta jest o tyle zawiła, że trafia na wokandę sądów administracyjnych. W 2025 roku NSA rozstrzygał sprawę (sygn. akt I FSK 1918/21) dotyczącą prawa do częściowego odliczenia podatku VAT od wydatków inwestycyjnych związanych z utrzymaniem i pielęgnacją infrastruktury ogólnodostępnej. Sąd uznał, że wydatki inwestycyjne podmiotu, choć związane z infrastrukturą częściowo udostępnianą ogółowi (w tym przypadku były to m.in. koszty związane z utrzymaniem drzewostanu na obszarze parku), mają pośredni związek z działalnością opodatkowaną. Chociażby w zakresie wynajmu, komercjalizacji wyników badań czy świadczenia usług generujących przychód opodatkowany VAT u podatnika mającego swoją siedzibę w tej właśnie lokalizacji. Tym samym, zdaniem NSA, podmiot ma prawo do odliczenia podatku naliczonego, którego wysokość powinna zostać określona adekwatnie do stosowanego przez podatnika współczynnika i prewspółczynnika VAT.
Podsumowanie
Mając na uwadze stopień skomplikowania materii częściowego odliczenia VAT, szczególnie w sytuacji podatników prowadzących zróżnicowaną, mieszaną działalność, wydaje się, że uproszczenie tych regulacji lub wypracowanie stabilnych wytycznych, jest postulatem silnie uzasadnionym.
Autor: Tomasz Wagner, doradca podatkowy, ekspert Instytutu Podatków i Finansów Publicznych






