KSeF i odliczenie VAT z faktur poza systemem – rosnąca niepewność podatników

Opublikowane przez Ministerstwo Finansów wytyczne dotyczące rozliczania faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur są odpowiedzią na rosnącą niepewność po stronie przedsiębiorców. Już sam fakt ich wydania pokazuje, że praktyczne funkcjonowanie systemu wywołało istotne wątpliwości związane z prawem do odliczenia VAT.

Z przedstawionych informacji wynika, że możliwość odliczenia podatku z faktur wystawionych poza systemem ma mieć charakter czasowy i obowiązywać jedynie w okresie przejściowym. To oznacza, że w przyszłości takie dokumenty mogą być kwestionowane jako podstawa odliczenia. Problem polega jednak na tym, że przepisy ustawy o VAT nie uzależniają prawa do odliczenia od formatu faktury, lecz od rzeczywistego przebiegu transakcji i spełnienia warunków materialnych.

Pojawia się więc pytanie, czy wytyczne – które nie mają charakteru wiążącego prawa – mogą w praktyce ograniczać jedno z podstawowych uprawnień podatnika. Szczególnie problematyczne jest przeniesienie ryzyka na nabywcę, który często nie ma możliwości sprawdzenia, czy sprzedawca prawidłowo zastosował KSeF i czy w ogóle był do tego zobowiązany.

Dodatkowym źródłem niepewności jest wprowadzenie obowiązku dochowania należytej staranności bez jasnego określenia, co konkretnie miałoby ją potwierdzać. Brak precyzyjnych kryteriów powoduje, że ocena prawidłowości rozliczeń może zależeć od uznaniowej interpretacji organów podatkowych, co zwiększa ryzyko sporów.

W praktyce pojawiają się również problemy związane z zakresem danych przekazywanych do systemu. Część przedsiębiorców, chcąc ograniczyć ujawnianie wrażliwych informacji handlowych, decyduje się na ich częściowe pomijanie. To z kolei prowadzi do rozbieżności między rzeczywistymi warunkami transakcji a danymi widocznymi w systemie, co może komplikować rozliczenia i relacje biznesowe.

Na horyzoncie pojawiają się także kolejne zmiany związane z unijnymi regulacjami, które w przyszłości wprowadzą obowiązkowe standardy fakturowania w obrocie międzynarodowym. W kontekście obecnego modelu systemu rodzi to pytania o jego dalszy rozwój, kompatybilność z rozwiązaniami europejskimi oraz realne koszty dostosowania.

Wszystko to pokazuje, że sposób wdrażania i interpretowania zasad funkcjonowania KSeF może prowadzić do poważnych wątpliwości dotyczących pewności prawa oraz ochrony podstawowych praw podatników.

W związku z powyższym Ministerstwo Finansów otrzymało następujące pytania:

1. Jaką podstawę prawną przyjęło Ministerstwo Finansów, formułując w Podręczniku KSeF z dnia 9 lutego 2026 r. stanowisko, zgodnie z którym prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać wyłącznie w okresie przejściowym do końca 2026 r., skoro obowiązujące przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie uzależniają prawa do odliczenia od technicznej formy faktury, lecz od spełnienia materialnych przesłanek podatkowych?
2. Czy Ministerstwo Finansów dostrzega ryzyko naruszenia zasady neutralności VAT wynikające z praktycznego ograniczania prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie wytycznych o charakterze pozanormatywnym?
3. W jaki sposób resort finansów uzasadnia przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywców, którzy nie mają realnych narzędzi do zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z funkcjonowaniem systemu?
4. Jak Ministerstwo Finansów definiuje pojęcie „należytej staranności” w kontekście rozliczania faktur wystawionych poza KSeF oraz jakie konkretne, weryfikowalne działania podatnika mają potwierdzać jej dochowanie, aby ograniczyć uznaniowość organów podatkowych i ryzyko sporów po stronie podatników?
5. Czy resort finansów analizował skutki praktyczne obecnego modelu KSeF, w którym przedsiębiorcy – w obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych – ograniczają zakres danych wykazywanych na fakturach ustrukturyzowanych, oraz czy planowane są zmiany systemowe pozwalające na lepsze zabezpieczenie tajemnicy handlowej bez naruszania funkcji kontrolnych systemu?
6. Jakie działania zostały podjęte lub są planowane w celu zapewnienia spójności treści faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami handlowymi transakcji, tak aby KSeF nie prowadził do powstawania rozbieżności dokumentacyjnych, sporów między kontrahentami oraz zakłóceń płynności rozliczeń gospodarczych?
7. Czy w świetle zgłaszanych wątpliwości interpretacyjnych oraz ograniczeń wynikających z wytycznych Ministerstwo Finansów rozważa wprowadzenie zmian legislacyjnych w ustawie o VAT, które w sposób jednoznaczny i normatywny uregulowałyby zasady odliczania VAT w kontekście KSeF, zamiast opierania praktyki stosowania prawa na dokumentach o charakterze instrukcyjnym?

W odpowiedzi Ministerstwo Finansów wskazało:

Jaką podstawę prawną przyjęło Ministerstwo Finansów, formułując w Podręczniku KSeF z dnia 9 lutego 2026 r. stanowisko, zgodnie z którym prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać wyłącznie w okresie przejściowym do końca 2026 r., skoro obowiązujące przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie uzależniają prawa do odliczenia od technicznej formy faktury, lecz od spełnienia materialnych przesłanek podatkowych?

Podręcznik KSeF to materiał pomocniczy, mający na celu ułatwienie wdrożenia KSeF. Kwestia odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF została przedstawiona w Podręczniku w ujęciu czasowym od lutego do grudnia 2026 r., m.in. z uwagi na fazowanie terminów wejścia w życie obowiązkowego e-fakturowania w KSeF. Dla ww. okresu nałożenie na nabywcę obowiązku zweryfikowania, czy faktura została prawidłowo wystawiona poza KSeF, byłoby niewspółmierne, a nawet czasami niemożliwe do wykonania.

W związku ze wskazanymi powyżej przyczynami, Podręcznik skupia się na okresie wdrożeniowym przy omawianiu tematu odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF. Ponadto z podręcznika nie wynika, że odnosi się on do ograniczeń w odliczaniu VAT od 2027 r.

Czy Ministerstwo Finansów dostrzega ryzyko naruszenia zasady neutralności VAT, wynikające z praktycznego ograniczania prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie wytycznych o charakterze pozanormatywnym?

Wprowadzenie KSeF oraz publikacja materiałów pomocniczych w postaci Podręcznika KSeF nie stanowi zagrożenia dla podstawowej zasady neutralności podatku VAT. Zasada ta gwarantuje, że główny ciężar podatku spoczywa na ostatecznym konsumencie, a nie przedsiębiorcy (pośredniku). Przepisy KSeF oraz treść podręcznika nie tworzą od tej zasady wyjątków poprzez ograniczenia prawa do odliczenia podatku VAT. Jednocześnie pozanormatywne opracowania mają charakter pomocniczy. Ich cel ogranicza się do ułatwienia technicznego stosowania przepisów KSeF.

Podręcznik jest więc materiałem pomocniczym dla podatników, który ma na celu ułatwienie i wyjaśnienie krok po kroku m.in. kwestii dotyczących wystawiania i otrzymywania faktur w KSeF. Materiał ten w sposób przystępny przybliża szczegółowe zagadnienia dotyczące stosowania przepisów KSeF. Co więcej, Podręcznik wskazuje wprost, że w okresie od lutego do grudnia 2026 r. w zakresie realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur, które pomimo obowiązku fakturowania w KSeF zostaną wystawione z jego pominięciem (czyli w sytuacji, gdy zachodzą nieprawidłowości w działaniu po stronie wystawcy faktury), prawo to będzie zapewnione, pod warunkiem spełnienia przesłanek materialnych odliczenia, o których mowa w art. 86 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych zgodnie z art. 88 ustawy.

W jaki sposób resort finansów uzasadnia przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywców, którzy nie mają realnych narzędzi do zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z funkcjonowaniem systemu?

Resort finansów nie przenosi ryzyka podatkowego na nabywców (odbiorców) transakcji. Wprost przeciwnie podejmowane są działania w zakresie sprawnego wdrożenia KSeF zarówno po stronie sprzedawcy (wystawcy faktury), jak i nabywcy. Nabywca nie odpowiada obecnie za uchybienia sprzedawcy w zakresie obowiązku wystawiania faktur w KSeF.

Ministerstwo Finansów uwzględnia kwestie dotyczące zminimalizowania ryzyka podatkowego po stronie nabywców, w szczególności w pierwszych etapach funkcjonowania obowiązkowego e-fakturowania w KSeF. Wyraz tego stanowią również informacje publikowane w cytowanym Podręczniku KSeF.

Tym niemniej w przypadku faktur otrzymywanych poza KSeF kluczowe dla nabywcy pozostaje zachowanie należytej staranności przy korzystaniu z odliczenia VAT.

Jak Ministerstwo Finansów definiuje pojęcie „należytej staranności” w kontekście rozliczania faktur wystawionych poza KSeF oraz jakie konkretne, weryfikowalne działania podatnika mają potwierdzać jej dochowanie, aby ograniczyć uznaniowość organów podatkowych i ryzyko sporów po stronie podatników?

W zakresie podatku VAT nie ma jednej, sztywnej definicji „należytej staranności”. Przepisy VAT również nie wprowadzają legalnej definicji w tym zakresie. Nie istnieje zatem katalog zamknięty konkretnych, weryfikowalnych działań podatnika mających potwierdzać dochowanie należytej staranności. Pod tym pojęciem mieści się szereg działań podatnika, który powinien upewnić się, że uczestniczy w rzeczywistej transakcji, a nie w oszustwie podatkowym. Wykorzystanie e-fakturowania minimalizuje działania po stronie podatnika. Fakturowanie poza KSeF może wymagać podejmowania tych działań w sposób rozszerzony. Wykorzystywanie faktur wystawionych poza KSeF może wpływać na zwiększone ryzyko nieuczciwego działania takich podmiotów. Zatem wykorzystując faktury wystawione i otrzymane z pominięciem KSeF, nabywca powinien każdorazowo zwracać uwagę na okoliczności współpracy z takim kontrahentem, w tym, czy kontrahent, który wystawia faktury poza KSeF (mimo ciążącego na nim obowiązku oraz w dobie udostępnionych przez resort finansów bezpłatnych aplikacji do wystawiania faktur w KSeF), rzetelnie dokumentuje dokonane transakcje. Jeśli faktura jest wystawiana przy użyciu KSeF, to ten system zapewnia autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktury ustrukturyzowanej. W przypadku wystawiania faktur innych niż wyżej wymienione, podatnik sam określa sposób zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści oraz czytelności faktur na dotychczasowych zasadach.

Czy resort finansów analizował skutki praktyczne obecnego modelu KSeF, w którym przedsiębiorcy – w obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych – ograniczają zakres danych wykazywanych na fakturach ustrukturyzowanych, oraz czy planowane są zmiany systemowe pozwalające na lepsze zabezpieczenie tajemnicy handlowej bez naruszania funkcji kontrolnych systemu?

Faktura jest dokumentem potwierdzającym daną transakcję, a jej zakres jest ściśle określony w art. 226 Dyrektywy VAT i odpowiednio zaimplementowany w art. 106e ustawy o VAT. Struktura faktury ustrukturyzowanej (schema FA3) była przedmiotem konsultacji z rynkiem, a wynikiem tych konsultacji jest umieszczenie w niej elementów opcjonalnych zgłaszanych przez podmioty w ramach tych konsultacji. Jeżeli podatnik umieszczał wcześniej na tym dokumencie dodatkowe elementy poza wymaganymi ww. przepisem oraz poza elementami opcjonalnymi, takie informacje można nadal przekazywać, ale w innej formie niż „na fakturze”.

Rozwiązania prawne, biznesowe i techniczne dotyczące KSeF 2.0 w fazie ich projektowania były przedmiotem licznych konsultacji i analiz. System został stworzony z uwzględnieniem najlepszych praktyk rynkowych, a dane przekazywane do KSeF są przechowywane w bezpiecznej infrastrukturze resortu finansów, spełniającej krajowe oraz branżowe standardy bezpieczeństwa. Dzięki temu dane zawarte na fakturach są w pełni chronione przed dostępem osób nieuprawnionych oraz potencjalnymi zagrożeniami.

Jakie działania zostały podjęte lub są planowane w celu zapewnienia spójności treści faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami handlowymi transakcji, tak aby KSeF nie prowadził do powstawania rozbieżności dokumentacyjnych, sporów między kontrahentami oraz zakłóceń płynności rozliczeń gospodarczych?

W celu zapewnienia spójności faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami handlowymi transakcji wprowadzono odpowiednie rozwiązania w strukturze logicznej FA(3). Poza elementami obowiązkowymi wynikającymi z treści ustawy o podatku od towarów i usług, w treści faktury można zawrzeć dobrowolnie między innymi:

• Informacje dotyczące warunków płatności np. termin płatności czy forma płatności (element Platnosc),
• Informacje dotyczące dodatkowych rozliczeń (obciążeń i odliczeń) mających wpływ na finalną kwotę zapłaty (element Rozliczenie),
• Informacje dotyczące warunków transakcji np. warunki dostawy, dane dotyczące transportu i przewoźnika, numery umów i zamówień (element WarunkiTransakcji),
• Pozostałe informacje na fakturze np. stopkę faktury (element Stopka).

W KSeF 2.0 możliwe jest wystawienie faktury z załącznikiem. Załącznik stanowi integralną część faktury (pliku xml). Wprowadzenie tej funkcjonalności technicznej stanowi wyjście naprzeciw oczekiwaniom przedsiębiorców. Zgłaszali oni konieczność uwzględnienia w strukturze logicznej FA(3) załącznika mieszczącego w sobie złożone dane dotyczące jednostki miary, ilości (liczby) dostarczanych towarów lub wykonywanych usług oraz ceny jednostkowej towarów lub usług.

W szczególności były to zgłoszenia dostawców mediów (energii, gazu itp.), którzy w załączniku do faktury umieszczają m.in. szczegóły dotyczące zużycia energii/gazu w podziale na poszczególne punkty poboru. Aby móc wystawiać w KSeF 2.0 faktury z załącznikiem (z wypełnionym węzłem Załącznik), należy zgłosić w usłudze e-Urząd Skarbowy zamiar wystawiania tego typu faktur. Zgłoszenia są realizowane w terminie maks. 3 dni roboczych. W załączniku do faktury można zamieszczać wyłącznie informacje o charakterze podatkowym lub dane ściśle powiązane z tymi informacjami (w tym np. numery liczników czy adresy punktów poboru).

Struktura logiczna e-Faktury FA(3) powstała w wyniku szerokich konsultacji z ekspertami podatkowymi, księgowymi, biegłymi rewidentami, a także z dostawcami oprogramowania do fakturowania oraz przyszłymi użytkownikami API KSeF 2.0. Dzięki temu umożliwia zawarcie zarówno obowiązkowych elementów faktury (wynikających z zapisów ustawowych) jak i elementów nieobowiązkowych, w tym odnoszących się do warunków handlowych transakcji.

Czy w świetle zgłaszanych wątpliwości interpretacyjnych oraz ograniczeń wynikających z wytycznych, Ministerstwo Finansów rozważa wprowadzenie zmian legislacyjnych w ustawie o VAT, które w sposób jednoznaczny i normatywny uregulowałyby zasady odliczania VAT w kontekście KSeF, zamiast opierania praktyki stosowania prawa na dokumentach o charakterze instrukcyjnym?

Po fazie wdrożeniowej obowiązkowego e-fakturowania w KSeF (jeżeli po tym okresie będą wciąż występować niejasności interpretacyjne) zostanie podjęta decyzja czy należy dokonać zmian. Jeżeli będą konieczne, zostaną podjęte działania w tym zakresie z perspektywą ich wprowadzenia z odpowiednio długim vacatio legis dając czas podatnikom na dostosowanie się do nich.